UNIKA Santo Thomas terdapat di kompleks yang terdiri dari 6 ha di Tanjung Sari Medan, sebagai Kampus untuk Program Sarjana (S1) dan di Catholic Center, Jl. Mataran No. 21 Medan untuk Pasca Sarjana. Kampus Fakultas Filsafat terdapat di Sinaksak, Pematang Siantar.