Tanggal Berdiri/Nomor SK : 29 Januari 2008/Nomor 1232/UKS/G.16/08
Dilandasi kesadaran bahwa keberadaan Universitas Katolik Santo Thomas Sumatera Utara kini dan masa mendatang sangat tergantung dari mutu penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi, maka pada tanggal 29 Januari 2008 dibentuk Lembaga Penjaminan Mutu dengan SK Rektor Nomor 1232/UKS/G.16/08. Seiring dengan itu ditingkat Fakultas dibentuk Unit Penjaminan Mutu (UPM) dan di tingkat Departemen dibentuk Tim Penjaminan Mutu (TPM). Pada bulan Juli 2013, Tim LPM-Universitas Katolik Santo Thomas telah berhasil menyelesaikan Buku I Sistem Penjaminan Mutu Internal. Bersamaan dengan proses penyusunan Buku II, yakni standar pendidikan dan pengajaran, standar penelitian dan pengabdian masyarakat yang berisi borang/formulir yang diperlukan di dalam SPM-Unika Santo Thomas, telah dilakukan lokakarya penjaminan mutu bagi fungsionaris universitas dan fakultas di Berastagi pada 19 sampai dengan 22 Februari 2015. Pada saat lokakarya, Rektor Universitas Katolik Santo Thomas mencanangkan secara resmi implementasi Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) di seluruh unit kerja yang menandai semakin tingginya kesadaran berbudaya mutu di seluruh komunitas Unika Santo Thomas SU.