Perpustakaan Unika St. Thomas Medan berdiri pada tahun 1984, bertempat di Lantai 1 gedung Universitas Katolik St. Thomas Medan, di Jl. S. Parman.
Pada tahun 1995 seluruh kegiatan Perpustakaan Unika St. Thomas di Medan dipindahkan ke gedung Perpustakaan di kampus Universitas Katolik St. Thomas yang baru di Jl. Setia Budi No. 479-F Tj. Sari.
Gedung Perpustakaan yang baru terdiri dari satu unit bangunan berlantai 3 (tiga) dengan luas bangunan kira-kira 535.50 m2.
Perpustakaan Unika St.Thomas sejak awal berdirinya telah mengalami beberapa kali pergantian pimpinan, yaitu :
- Periode 1984 - 1991 : Drs. Frans Hutabarat
- Periode 1991 - 1993 : Dra. Renova Marpaung
- Periode 1993 - 1998 : Drs.J.P. Situmorang,S.S.
- Periode 1998 - 2001 : Janus Sidabalok.S.H.M.Hum.
- Periode 2001 - 2004 : Ida Mariani Pasaribu, Amd
- Periode 2004 - 2008 : Ependi Simanjorang, SS
- Periode 2008 - sekarang : Hasparna Sitanggang, S.Sos
Untuk kepentingan tugas, Perpustakaan Unika St. Thomas diorganisasikan ke dalam 4 bidang tugas yaitu :
1. Bidang Tala Usaha
2. Bidang Katalogisasi
3. Bidang Pengolahan Data dan Informasi
4. Bidang Sirkulasi
Sistem di Perpustakaan Universitas Katolik St. Thomas menggunakan sistem layanan terbuka.
Sejak tahun 1989, Perpustakaan Unika St.Thomas masuk menjadi anggota Jaringan Perpustakaan APTIK (JPA), sebuah bentuk kerjasama perpustakaan-perpustakaan Perguruan Tinggi Katolik se-Indonesia dengan tujuan menyetarakan kualitas layanan perpustakaan.